Zotero что это за программа

Zotero: оптимизация хранения и использования научной литературы

Не буду распространяться о преимуществах использования библиографических менеджеров. На дворе 2015 год. Тема не раз обсуждалась на Хабре.

Здесь подробно описываются все прелести использования библиографического менеджера на примере Mendeley (это один из главных конкурентов Zotero, сравнение позже в этой статье). Здесь любопытно представлена система Citavi. Вроде бы, все в ней неплохо, но платить за софт приличные деньги, когда есть прекрасные бесплатные аналоги — развлечение на любителя. Кстати, от души рекомендую почитать комментарии к этой статье — познавательнее иных опусов. Здесь автор библиографического менеджера SciRef предлагает получить программку бесплатно.

Существует огромное множество различных библиографических менеджеров (см. таблицу в подвале, источник).

Разумеется, при таком многообразии глупо говорить об одном идеальном решении. В этой статье я хочу рассказать вам о решении, которым пользуюсь и которое устраивает меня почти полностью. Как видно из названия статьи, это Zotero.

Zotero — проект с открытым исходным кодом. Программа принципиально бесплатна. Но есть один малоприятный нюанс. Zotero предлагает бесплатно онлайн хранилище лишь на 300 МБ (на практике выясняется, что это очень мало — не более 500 статей). Нет, локально можно хранить сколь угодно большую библиотеку, но если желаешь синхронизировать все в онлайн, придется платить. Именно пошаговый обход этого неприятного момента я и покажу в данной статье. Логика проста: храним библиографические описания в онлайн-хранилище Zotero, а полные тексты статей — в любом облаке.

Итак, скачать установочники можно безвозмездно с официального сайта. Zotero существует в двух вариантах: в качестве дополнения Firefox и в качестве отдельной программы. Мне лично удобнее пользоваться самостоятельной программой. Но это дело вкуса. Функционал обоих решений идентичен. При этом можно установить оба варианта параллельно, что мне кажется очень удобным: Zotero Firefox для удобства быстрого поиска и экспорта статей; Zotero Standalone для удобства работы исключительно с литературой в полноэкранном режиме. Разумеется, при таком подходе настраивать Zotero Firefox и Zotero Standalone надо одинаково (хак: если сперва настроить Standalone, то при открытии Zotero Firefox появится опция импортировать настройки). Приятно, что программа кроссплатформенна. Недавно пересел на Linux — никаких проблем с использованием библиотеки.

Из предварительных шагов осталось еще три: (1) завести учетную запись на сайте Zotero (она понадобится для синхронизации); (2) установить расширение для экспорта цитат из Google Scholar — Zotero Scholar Citations; (3) установить расширение для более тонкой работы с файлами, прикрепленными к библиографическим описаниям — Zotfile. Имеет смысл скачивать и устанавливать наиболее свежую версию Zotfile с github странички разработчика. Процесс установки описан на английском; если проще на русском, смотри спойлер ниже.

1. Скачать программу архивом. Кнопка Download zip справа

2. Распаковать архив
3. Открыть папку zotfile-master, выбрать все файлы и папки и снова заархивировать с расширением .zip
4. Переименовать полученный архив в zotfile.xpi
5. Установить. Пользователи Zotero Firefox могут просто перетащить архив в любую открытую вкладку браузера и согласиться на установку. Пользователям Zotero Standalone надо открыть программу. Дальше Tools->Add-ons->Tools for all Add-ons (кнопка справа – см. скриншот)->Install Add-on From File. Выбираем zotfile.xpi

Предварительные шаги пройдены. Осталось настроить параметры. Отправляемся в настройки. Edit-> Preferences. Открывается окно с настройками на вкладке General. Здесь из настроек я только убрал галочку с автоматического скриншота сайта, когда сохраняешь статью. Не вижу смысла засорять БД кучей мелких файлов. Впрочем, кто-то может найти эту опцию крайне полезной.

Дальше идем по вкладкам меню настроек. Sync. Тут надо ввести данные учетно записи Zotero для синхронизации библиографических описаний. Убираем галочку с Sync full-text content. Это как раз и есть опция синхронизации полных текстов статей в хранилище Zotero. Нам не интересно облако с лимитом в 300МБ.

Search. Тут надо щелкнуть по плашке, чтобы установить дополнение, которое позволяет вытаскивать полные библиографические описания из самих PDF статей. Это работает только в том случае, если опция заложена создателем файла. Но большинство современных научных издательств все делают грамотно.

Export. Пропускаем сейчас.

Cite. Очень важно. Тут надо установить интеграцию с MS Word и/или Libreoffice. В соседней дополнительной вкладке Styles можно устанавливать новые стили цитирования. Многие журналы выпускают свои стили, подогнанные до мельчайших деталей. Скачать можно тут.

Advanced. Нас интересует только дополнительная вкладка Files and Folders. Тут и кроется главная хитрость.

В первом пути указываем директорию, в которой будут храниться полные тексты статей (я ее назвал Zotero_Library). Эта директория располагается где-то в синхронизируемой части файловой системы. В моем случае это директория Jottacloud — облако, которое я использую. Во втором пути надо указать директорию, в которой будут храниться системные файлы (Zotero_System). Эту директорию желательно создавать где-то в неизменяемой части файловой системы. Ее будет перезаписывать синхронизация Zotero. Подобное разделение позволяет нам избежать конфликтов синхронизации библиографических описаний в хранилище Zotero и полных текстов статей в наше облако по выбору.

Остался последний штрих — настроить Zotfile. Идем в Tools->Add-ons и нажимаем на кнопку Preferences напротив Zotfile. Появляется окно с настройками, вкладка General Settings.

В первом пути указываем директорию, куда браузер сохраняют по умолчанию файлы. Это позволяет Zotfile автоматически прикреплять PDF только что сохраненных статей, если открыт доступ к скачиванию файла. Но это мелочь, второй путь гораздо важнее. Тут выбираем директорию, созданную для хранения полных текстов — Zotero_Library. Помечаем ниже использовать отдельные папки. /%a означает, что PDF статей будут размещаться в папки, названные в честь автора. Вариантов куча, можно ознакомиться на сайте разработчика Zotfile.

Дальше вкладка Renaming Rules. Тут нужно убедиться, что прикрепленные файлы будет переименовывать именно Zotfile. Куча настроек. Я использую стандартные — они кажутся вполне разумными.

На этом настройка завершена. Можно пользоваться.

Важный нюанс! Прикрепленные текст должен обязательно быть переименован Zotfile, иначе он не попадет в правильное хранилище в правильном виде. Не вдаваясь в подробности, приложение к библиографической карточке должно быть ссылкой на переименованный файл.

А теперь посмотрим, в чем же главна прелесть Zotero в связке с Zotfile. Вот так выглядит библиографическое описание статьи из моей библиотеки, выгруженное в формате bibtex.

Обратите внимание, что путь к файлу хардкорно прописан в самом библиографическом описании. Это значит, на каком бы компе я ни развернул свою библиотеку, мне надо только настроить все привычным образом (указать путь к локальному хранилищу) и синхронизироваться с учетной записью Zotero.

Mendeley так не умеет. Впечатлившись более эффектным интерфейсом, я недавно предпринял попытку пересесть на Mendeley, но очень быстро уперся в невозможность восстановить целостность своей БД. А вручную прикреплять тысячу PDF к библиографическим записям — работка не для слабонервных. Ниже в подвале — некоторые пункты сравнения Mendeley с Zotero, которые определили мой выбор в пользу Zotero. Сравнение не претендует на полноту: оно затрагивает только вопрос оптимального хранения всей БД литературы. При желании по запросу «Zotero VS Mendeley» Google выдаст кучу толковых статей (обращайте только внимание на возраст статей — оба проекта бурно развиваются, и многие недостатки прошлого уже устарели).

Mendeley не прописывает пути к файлам собственно в библиографическом описании. Это не позволяет с легкостью переносить БД с компьютера на компьютер (или восстанавливать ее). Фактически для бесперебойной синхронизации БД Mendeley необходимо использовать их облачное хранилище; 2 ГБ, конечно, не 300 МБ, но тоже не позволяет спокойно выбрать Mendeley. Надо понимать, что выбор библиографического менеджера желательно делать однозначно в самом начале академического пути.

Mendeley не работает без подключения к интернету. Казалось бы не велика беда — интернет сейчас везде. Но вот пописать статью в самолете с Mendeley не получится. Мелочь, а неприятно.

Есть у Mendeley и очевидные преимущества. Программа проще в установке и настройке. Есть собственные очень приличные приложения под Android и iOS. Значительно быстрее Zotero парсит метаданные из PDF статей. Есть встроенный просмотрщик PDF с возможностью быстрого выделения и аннотации. Однако все эти плюшки, на мой взгляд, не перевешивают проблем с организацией БД.

Ну и напоследок. Периодически можно вычищать все из папки Zotero_System/storage. В ней хранятся копии еще не переименованных файлов и прочий шлак. Но внимание (!), там же хранятся скриншоты, если они вам нужны.

Наслаждайтесь Zotero с облачным хранилищем любого размера!

Источник

Если вы хотите быстро добавить ссылку на газету, электронную почту или запись в блоге, тогда функция быстрого копирования – лучший вариант. Просто выберите элемент в центральной колонке и перетащите его в любое поле ввода текста. Zotero автоматически создаст нумерованную и упорядоченную по алфавиту библиографию. Чтобы скопировать цитату, а не ссылки, нажмите клавишу “shift” перед тем, как перетащить нужный элемент.

Чтобы изменить настройки Быстрого Копирования, нажмите клавишу меню “Действия” (та, где изображена шестеренка) и выберите опцию “Параметры”. Во всплывающем меню “Параметров” выберите экспорт. На этой вкладке вы можете сделать следующее:

Вы можете также использовать горячие клавиши Быстрого Копирования, чтобы скопировать цитату или библиографию в буфер обмена и затем вставить их в документ. Чтобы посмотреть горячие клавиши, установленные по умолчанию, обратитесь к панели управления горячими клавишами.

Чтобы создать библиографию в Zotero, выделите одну или несколько ссылок и затем нажмите правой кнопкой мыши (или control-щелчок для компьютеров с операционной системой Mac) и выберите опцию “Создать библиографию из выбранного(-ых) элемента(-ов)”. Затем выберите стиль цитирования для формата вашей библиографии и выберите один из четырех способов создания библиографии:

Поиск в Zotero представлен в виде простого (быстрого) и расширенного. При этом подразумевается поиск элементов в своей библиотеке, но не неизвестных документов, находящихся в сетевом доступе.

Быстрый поиск возвращает по запросу элементы, чьи метаданные, теги или содержание совпадает с поисковым запросом. Простой поиск организуется введением поискового запроса в поле Поиск Панели инструментов.

Расширенный поиск организован в форме иерархически выстроенной системы фильтров и логических операций по атрибутам элементов. Он запускается с Панели инструментоводинарным щелчком мыши по кнопке Расширенный поиск. Результаты выполнения поисковых запросов могут быть сохранены, используя диалоговое окно Расширенный поиск.

Синхронизация библиотек служит для обеспечения их использования на разных компьютерах. Элементы библиотеки синхронизируются через сервер www.zotero.org, а сервис WebDAV используется для синхронизации PDF и медиафайлов. Г руппы могут быть созданы пользователями Zotero для совместной работы, либо по интересам. С помощью групповых библиотек коллективного пользования возможно совместное управление исследовательскими источниками и материалами в on-line режиме и через клиента Zotero; www.zotero.org может выступать в качестве сервера для задействованных групп.

Основные действия, осуществляемые для использования Zotero.

Инсталляция браузера Mozilla Firefox. Zotero представляет собой плагин (расширение, надстройку) браузера Mozilla Firefox. Данный браузер принадлежит к числу свободно распространяемого открытого программного обеспечения. Дистрибутив программы может быть бесплатно скачан с сайта браузера (http://www.mozilla.com/ru/firefox/). Скачанный файл Firefox Setup.exe необходимо запустить на исполнение и, при необходимости, указать логический диск и каталог для установки программы. Пользователь может, но не обязан регистрироваться в качестве пользователя программного обеспечения.

Инсталляция плагина Zotero. Файл плагина может быть скачан бесплатно с сайта www.zotero.org. При этом нажатие на домашней странице www.zotero.org соответствующей кнопки запускает не скачивание, а инсталляцию дополнения. Если браузер блокирует установку, предупреждая о потенциальной опасности данной операции, надо подтвердить свое решение установить дополнение.

Регистрация пользователя на сайте Zotero не является обязательной, но предоставляет возможность использования такового в качестве удаленного сервера для хранения своей библиотеки и организации коллективного либо удаленного использования библиотек и отдельных подборок (коллекций). Бесплатно предоставляется до 100 Мб дискового пространства. Регистрация осуществляется на странице https://www.zotero.org/user/register с последующим подтверждением по направляемой электронной почтой ссылке.

Основные действия, осуществляемые при использовании Zotero.

Все коллекции (подборки) библиографических ссылок хранятся в персональном разделе Моя библиотека. Заносимые ссылки целесообразно размещать в создаваемых пользователем коллекциях (подборках). При этом любая заносимая ссылка оказывается занесенной как в указанную пользователем коллекцию (явным образом), так и персональную библиотеку в целом (неявным образом). Одна и та же ссылка (в действительности это псевдоимя) может присутствовать во многих коллекциях, что устраняет необходимость механического дублирования ссылок на многотематические информационные ресурсы. В коллекциях могут находится подчиненные (вложенные) коллекции, что удобно для отражения иерархически организованных структур.

Открытие основного окна плагина Zotero осуществляется нажатием на надпись ZOTERO в правом нижнем углу окна браузера Mozilla Firefox. При этом подключение к сети Интернет не является обязательным.

Zotero позволяет организовывать файлы в коллекции (подборки). Каждая подборка может соответствовать исследовательскому проекту, конкретной области интересов, научной работе, отдельному таксону живых организмов и пр. Созданная подборка размещается в левом углу панели Zotero, тогда как в центре отображено ее содержание. Коллекции могут быть созданы, переименованы, копированы или удалены. Файлы могут быть добавлены, копированы, перемещены и удалены. Поскольку в коллекциях представлены не реальные объекты, а псевдоимена, существует функция поиска коллекций, в которых заданный файл представлен в данной форме.

Основным инструментом поиска библиографической информации является браузер Mozilla Firefox. В качестве инструментария поиска информации, находящейся в сетевом доступе, могут быть использованы информационно-поисковые системы, прежде всего – научные (scholar.google.com, www.scirus.org и т.п.). Нажатие при выделенной ссылке на правую клавишу манипулятора активирует выпадающее меню, в котором следует выбрать опцию Сохранить ссылку как документ Zotero.

Сортировка элементов (информационных записей) возможна по всем основным параметрам записей, в том числе по названию, автору, типу информационного источника, дате, году, издательству, языку, наличию файла первоисточника и т.д.

Поиск средствами Zotero осуществляется только внутри библиотеки по всем имеющимся коллекциям. При большом числе он может быть замедленным из-за потребности в большой вычислительной мощности компьютера.

Все файлы, имеющиеся в библиотеке Zotero, хранятся в папке профилей браузера Mozilla Firefox (если не указано другое место расположения для хранения на вкладке задания «расширенных» параметров). Каждый файл находится в отдельном подкаталоге в папке хранения, названной произвольным сочетанием восьми символов. По этой причине нецелесообразно пытаться искать эти файлы файловых менеджерах, открывать эти файлы следует непосредственно через Zotero. Выбор в Zotero элемента и опции Просмотр в правой колонке ведет к открытию документа средствами браузера.

Создание ссылки проще всего осуществить механическим перетаскиванием нужной записи из окна Zotero в нужное место текстового документа. Вставка цитаты осуществляется аналогичным образом, но при нажатой клавиатурной клавише Schift.

Создание библиографического списка задается из выпадающего меню, открывающегося при нажатии правой клавиши манипулятора во время нахождения курсора в тексте. Дополнительными параметрами являются задание и модификация формата генерируемых библиографических списков. Zotero предоставляет возможность использования большого числа предустановленных шаблонов оформления библиографических списков, но, зачастую, приходится выполнять работу по окончательному оформлению таких списков.

Синхронизация позволяет резервировать (сохранять) в сетевом доступе на сервере элементы библиографии, но не файлы. Удаленное хранение файлов осуществляется в так называемом Хранилище Zotero.

Источник

Zotero

Обучающие материалы по работе с библиографическим менеджером Zotero.

Это бесплатный универсальный библиографический менеджер с полным функционалом, которым пользуются многие коллеги в НИУ ВШЭ. Подходит как для индивидуальной, так и коллективной работы, для облачного хранения полных текстов статей в Вашей личной или коллективной библиотеке. Программа очень проста, имеет массу обучающих материалов, и вы можете начать им пользоваться самостоятельно. Программа адаптирована под русскоязычного пользователя.

При возникновении технических вопросов при работе с этим библиографическим менеджером мы рекомендуем обращаться к официальному сайту: там вы найдете инструкции по всем техническим аспектам программы, прекрасные внятные видео-уроки, а также активный пользовательский форум. Все вопросы, которые у Вас могут возникнуть при освоении Zotero, с большой долей вероятности уже были заданы и имеют доступные ответы.

Команда нашего проекта подготовила несколько упрощенных инструкций для начала работы с Zotero, адаптированных под потребности разных категорий коллег в университете. В них отражено, как установить, настроить программу, создать свою библиотеку ссылок, где взять шаблон ГОСТа, как оформить библиографию и ссылки, в том числе по ГОСТу.

4. Инструкция по переносу архива библиографических ссылок из Microsofr Word, Excel или Access в Zotero находится тут >>>

На нашем сайте в рубрике Видеоуроки доступны видеозаписи занятий по Zotero, проведенные в НИУ ВШЭ в 2013 году.

Обучение Zotero в НИУ ВШЭ:

1. Центр повышения квалификации регулярно объявляет о наборе на курс по программе Zotero А.Шевчука. Следите за сайтом и анонсами Центра повышения квалификации.
2. Если Вам или Вашему коллективу необходимо занятие по основам Zotero, отправьте нам заявку. По мере формирования групп, мы сможем планировать новое занятие.

Источник

We’re in the process of updating the documentation for Zotero 5.0. Some documentation may be outdated in the meantime. Thanks for your understanding.

Основы хранения данных Zotero

Как создается библиотека Zotero?

Прежде чем углубляться в детали о местонахождении или восстановлении Вашей библиотеки, очень важно понять, как создается Ваша библиотека. Вся Ваша библиотека Zotero хранится по умолчанию в каталоге “Zotero” профиля Firefox. В этом каталоге два важнейших элемента: zotero.sqlite и файл “хранения”. Файл zotero.sqlite содержит большую часть Ваших данных: информация о Ваших файлах, заметки, теги и т.д. Папка “хранения” содержит все Ваши вложения: PDF-файлы, веб-снимки, аудио-файлы, и любые другие файлы, которые были импортированы.

Обратите внимание, что эти данные файлы отличаются от файлов Zotero RDF (например, “Экспортированные Файлы.rdf”), созданные с помощью функции экспорта Zotero. Хотя Вы можете импортировать данные из файла RDF, восстановление данных файлов непосредственно в данный момент гораздо более точный и надежный метод.

Внимание: Перед тем, как копировать, удалять или перемещать любые из этих файлов, убедитесь, что Firefox закрыт. Неспособность закрыть Firefox перед перемещением этих файлов может привести к повреждению данных.

Где находится Ваша библиотека Zotero

На системе Windows 2000/XP:

На системе Windows 7 and Windows Vista:

На большинстве Linux distributions:

Поиск файла zotero.sqlite на Вашем жестком диске может также найти базу хранения данных Zotero. Если Вы выбрали пользовательские данные каталога на панели Дополнительно, Ваши данные будут храниться в другом месте. Кнопка “Показать каталог данных» всегда показывает каталог данных, используемых в настоящее время.

Устранение неполадок

Куда исчезли мои файлы?

Иногда после обновления или восстановления системы пользователи находят свои библиотеки Zotero почти полностью пустыми. Хотя Вы можете прийти в замешательство, если такое произойдет с вами, не паникуйте. Вам следует убедиться, что Zotero ищет Ваши файлы в нужном месте и что нужные файлы действительно находятся в этом месте. (Библиотека может также быть пустой из-за конфликтов расширения, так что не забудьте проверить известные несовместимые расширения и отключить другие расширения Firefox, если Вы уверены, что Zotero ищет в правильном месте).

1. Убедитесь, что профиль Firefox правильный

Иногда при обновлении Firefox создает новый профиль. (Если Вы заметили, что Ваши закладки и история изменились или исчезли, вероятно, это и произошло.) Вы можете использовать менеджер профилей Firefox, чтобы убедиться, что Вы на самом деле в соответствующем профиле.

2. Убедитесь, что Ваши файлы находятся в каталоге, где Zotero их ищет

Используйте кнопку “Показать каталог данных” на панели Дополнительно, чтобы найти текущий каталог данных. Если это не тот каталог, который Вы ожидали, Вы можете либо указать другой каталог в панели Дополнительно, или, если Firefox закрыт, переместите любые существующие файлы Zotero (zotero.sqlite и “хранение”) и копируйте желаемые файлы Zotero в каталог. Если Вы не уверены, где расположены Ваши данные, можно найти больше версий zotero.sqlite или zotero.sqlite.bak, которые хранятся в другом месте на жестком диске, и поискать в каталоге “хранения” недавно сохраненные PDF-файлы и др.

Если у вас нет уважительной причины для использования пользовательского расположения каталога данных, мы рекомендуем использовать по умолчанию Ваш профиль Firefox.

При указании другой папки данных каталога, имейте в виду, что Zotero не перемещает или копирует какие-либо данные. Для этого необходимо скопировать данные в указанное место. Кроме того, при изменении расположения каталога данных на существующий каталог не забудьте указать главный каталог, содержащий zotero.sqlite и файл “хранение”.

Наконец, не забудьте закрыть Firefox до внесения изменений в файлы Zotero.

Как сделать резервную копию моей библиотеки Zotero?

Чтобы создать резервную копию библиотеки Zotero, закройте Firefox и копируйте каталог данных Zotero в место для резервной копии, предпочтительно на другом устройстве хранения. Вы можете найти каталог данных, перейдя в Zotero в рамках Действий Zotero (значок передачи)в меню и нажать кнопку “Показать Справочник ” в панели “Дополнительно”. Если Вы не можете открыть панель Zotero, Вы все тем не менее можете получить доступ к Свойствам, перейдя в меню Firefox: Инструменты → Дополнения → Расширения → Zotero → Настройки / Параметры.

Каталог данных Zotero содержит как базы данных, так и все связанные с ними файлы и вложения (изображения, PDF-файлы, веб-страницы и т.д.).

Как и в случае всех важных данных, имеет смысл часто делать резервную копию данных Zotero.

Как мне восстановить мою библиотеку Zotero из резервной копии?

Если происходит что-то внезапное (плавится жесткий диск, компьютер украден, и т.д.), Вы можете просто скопировать содержимое вашей резервной копии каталога данных в Active Directory Zotero. Во-первых, переустановите Zotero с zotero.org, если это необходимо. После перезапуска Firefox, откройте панель Дополнительно Zotero и нажмите кнопку “Показать данные каталога ”. Это должно открыть папку, содержащую zotero.sqlite и, возможно, папку “хранения”. Закройте Firefox и перетащите zotero.sqlite и “хранение” из этой папки во временную папку на рабочем столе. Далее, копируйте zotero.sqlite и файл “хранение” из резервной папки в Active Directory. При повторном открытии Firefox Ваша библиотека Zotero должна быть там.

После того как Вы успешно восстановили Ваши данные, Вы можете удалить папку на рабочем столе. Восстановление библиотеки после последнего автоматического резервного копирования

Каждый раз, когда Вы закрываете браузер, и когда Ваш компьютер находится в режиме ожидания, Zotero делает резервную копию данных вашей библиотеки, если последняя резервная копия была сделана более, чем 12 часов назад. Если Вы сделаете серьезную ошибку при использовании Zotero, например, если вы случайно удалили большой набор элементов, вы можете вернуться к последней резервной копии.

Источник